Το Πειραματικό Γενικό Λύκειο Χανίων ιδρύθηκε το 2024. Κατά το σχολικό έτος 2024-25 υποδέχτηκε τους πρώτους του μαθητές (Α’ Λυκείου) και συστεγάστηκε με το 1ο Πειραματικό Γυμνάσιο Χανίων, στο χώρο του παλιού 1ου Γυμνασίου Χανίων, ανατολικά της Δημοτικής Αγοράς Χανίων.
Κατά το σχολικό έτος 2024-25 μεταφέρθηκε στο κτήριο Παπαδόπετρου, λειτουργώντας πλέον Α’ και Β’ τάξη.